Činnost společnosti AQUATIS a.s. v oboru krajinného inženýrství je zaměřena zejména na opatření k úpravě vodního režimu krajiny, ochraně proti plošné a říční erozi, obnově krajinných struktur, půdní úrodnosti a uspořádání půdního fondu. Návrhu opatření předchází provedení podrobných analýz území (poměry klimatické, hydrologické, hydrogeologické, pedologické, kulturně-přírodní, apod.). Podrobně je analyzováno využití území, odtokové poměry, způsob hospodaření na zemědělských a lesních pozemcích, skladba plodin a porostů, kvantifikace vnosu živin a pesticidů do vodního prostředí. Cílem opatření je zlepšení struktury kulturní krajiny, omezení vodní eroze a optimalizace hospodaření na zemědělských pozemcích s ohledem na zadržení vody v krajině, snížení povrchového odtoku vody a jeho částečné převedení na odtok podzemní.
Navržená technická opatření, jako zasakovací pásy, příkopy, průlehy, meze, polní cesty, zatravnění údolnic, apod., jsou mimo jiné podkladem pro územní plánování a provádění pozemkových úprav. Součástí návrhů jsou i opatření ke zlepšení morfologického stavu vodních toků a retenční kapacity údolních niv, včetně návrhů malých vodních a suchých nádrží.
V oboru krajinného inženýrství jsou rovněž zajišťovány činnosti zahrnující návrh závlahových soustav a nádrží i opatření na stávajících drenážních systémech k optimalizaci režimu podzemních vod na zemědělských půdách.